משאב הבסיס Organization מוגדר כקבוצה רשמית או לא רשמית של אנשים שהתאגדו ופועלים יחד למען השגת מטרה קולקטיבית משותפת כלשהי והוא משמש לייצוג ארגונים או יחידות ארגוניות בתוכם.

דוגמאות ל- Organization: בתי חולים, מוסדות חינוך, חברות מסחריות, ארגונים ללא כוונות רווח, אגודות, מוסדות, תאגידים, קבוצות עיסוק בתחום הבריאות, חברות ביטוח וגם יחידות ארגוניות בתוך אותם ארגונים כגון חטיבות, מחלקות (פנימית, מעבדה ועוד), יחידות (טיפול נמרץ ועוד) וכו'.

משאב הארגון מאפשר להגדיר את ההיררכיה הארגונית דרך אלמנט partOf, למשל "מחלקה פנימית א'" שהיא תת ארגון (partOf) של "בית חולים איכילוב". דוגמה נוספת היא "מעבדה בקטריולוגית" שהיא  partOf של "מעבדה ראשית" שהיא עצמה partOf  של "קופת חולים לאומית".

כיוון שמשאב הארגון מעורב במגוון רחב של תרחישי שימוש ופעילויות הקשורות לבריאות, זהו אחד המשאבים הבסיסיים ב-FHIR, ובדומה לשאר משאבי הבסיס, הגדרת הבסיס של משאב Organization היא פתוחה ולא אוכפת מגבלות רבות.

הפרופיל הישראלי ILCoreOrganization נגזר ממשאב הבסיס Organization ומגדיר סט אילוצים וחוקים שהוגדרו במטרה לאפשר אחידות בהעברתו בין גורמים שונים במדינת ישראל. תצורתו הנוכחית של הפרופיל הותאמה למערכת הבריאות הישראלית תוך הסתכלות, למידה והתחשבות במגבלות של פרופילים דומים בעולם ובפרט על פרופיל Organization  מ- Us-Core, וכן מהדרישות העסקיות והאילוצים של מערכת הבריאות הישראלית.