מודול התרופות בFHIR מורכב מאוסף של פרופילים ותהליכים, כאשר כל פרופיל נועד לייצג מטרה אחרת בתהליך הקשור לתרופות. להלן פירוט על כל אחד מהפרופילים והתהליכים השונים של המודול:

• Medication - הגדרת התרופה (קוד, מרכיבים פעילים, צורת אריזה וכו')

• MedicationRequest - הוראה על תרופה או בקשה לתרופה במרשם (אינו מייצג מרשם שלם)

• MedicationAdministration - מתן התרופה בפועל למטופל, למשל, ביצוע הוראה לתרופה

• MedicationStatement - דיווח/הצהרה על תרופה, למשל, מטופל מצהיר על תרופות קבועות

• MedicationDispense - ניפוק תרופה, למשל, רכישה בבית מרקחת

השימוש במספר פרופילים במודול זה מאפשר מעקב אחרי התרופה במספר תרחישים עסקיים עוקבים: הבקשה לתרופה במרשם, ניפוק התרופה, מתן התרופה וכו'. ב- FHIR, עיקרון זה נקרא workflow והוא מאפשר מעקב וניטור בצורה מסונכרנת של פעילויות שונות בתהליכים מורכבים שונים. כך לדוגמא ניתן לעקוב באופן משורשר אחרי תרופה שניתנה במרשם, נופקה בקהילה ונלקחה ע"י המטופל; או אחרי תרופה שניתנה כהוראה בבית החולים ותועדה בביצוע.