מסיבות שונות, אופן ניהול מרשם בבתי החולים שונה מזה הנהוג בקופה:
קופות החולים מנהלות קטלוג תרופות אשר מגדיר בין השאר את האריזות השונות הקיימות לכל תרופה. בתי החולים אינם מכירים את הקטלוג ולא יכולים להתאים את אפשרויות הרישום לקופות שונות בכל פעולת הפקת מרשם.
על כן, הוחלט שבתי החולים יעבירו את המינון, וחישובים נוספים ייערכו בקופת החולים בהתאם ללוגיקה עסקית מקובלת. אולם, מסתבר ששדות אלו אינם שדות חובה בעת הפקת מרשם, ועל כן מרשם יכול להגיע ללא נתונים אלו.
כיום, במידה ומגיע מרשם נייר כך, הוא לרוב יידחה ע"י בתי המרקחת או ייעשה מאמץ מיוחד ליצור קשר עם הרופא הרושם כדי לקבל פרטים.
בעיה נוספת היא ערך "כמות לניפוק". עקב המבנה הטכני הקיים במערכות בתי החולים, שדה אינו מתאר את בהכרח את גודל המנה (למשל 5 מיליליטר), אלא עלול לתאר כמות אריזות (למשל 5 סירופים).
על כן זה לא שדה חובה, ונערך דיון האם לא להוציאו לחלוטין ממבנה המרשם בבית החולים.